In den 1980er Jahre war der amerikanische Gitarrist John Fahey psychisch und physisch schwer angeschlagen. Seine erste und zweite Ehe gingen in Brüche, er begann zu trinken und machte schwere Krankheiten durch. So landete er schliesslich mittellos in der Union Gospel Mission von Salem, Oregon. Dennoch erschienen während der Zeit immer wieder Aufnahmen von Fahey.
Auf dem "Rounder"-Unterlabel "Varrick" kamen "Popular Songs Of Christmas & New Year's" (1983), "Let Go" (1984), "Rain Forests, Oceans, And Other Themes" (1985), "I Remember Blind Joe Death" (1987) und "Old Girlfriend And Other Horrible Memories" (1992) heraus. Für andere Labels entstanden "God Time And Causality" (Shanachie, 1989), und "The John Fahey Christmas Album" (Burnside, 1991).
Um Mitte der 1990er Jahre hatte John Fahey ein Comeback gefeiert. Produzent Barry Hansen stellte für die Doppel-CD "Return Of The Repressed" (Rhino, 1994) eine Compilation mit den besten Songs aus früherer Zeiten zusammen. Auch neue Aufnahmen erschienen, wie die Doppel-10"-EP "Morning/Evening, Not Night" (Perfect, 1996), die mit der Geschwindigkeit von Schellack-Schallplatten abgespielt werden musste.
Aus den Jahren 1995/1996 stammen auch die Stücke auf dem später veröffentlichten Album "Proofs & Refutations" (Drag City, 2023). Die Doppel-7"-Single "The Mill Pond" (Little Brother, 1997) und die Alben "City Of Refuge" (Tim/Kerr, 1997) und "Womblife" (The Table Of The Elements, 1997) waren weitere Neuerscheinungen. Mit der Post Rock-Gruppe Cul de Sac, mit Beck und Mitgliedern von Sonic Youth entstand "The Epiphany Of Glenn Jones" (Thirsty Ear, 1997).
Die erste CD, auf der er auf einer elektrischen Gitarre zu hören war, hiess "Georgia Stomps, Atlanta Struts And Other Contemporary Dance Favourites" (Table Of The Elements, 1998). Es folgten "Hitomi" (LivHouse, 2000) und "Vol. One" (Jazzoo, 2002). Letzteres war eine Aufnahme des John Fahey Trios mit den Multiinstrumentalisten Rob Scrivner und Tim Knight als Mitmusiker.
Fahey ist auch auf Aufnahmen von Bill Barth, Tony Thomas, Jo Ann Kelly, Lori Carson, Kathryn Hurd, Miss Murgatroid und Todd Hallawell zu hören. Zusammen mit seinem Manager Dean Blackwood gründete John Fahey 1997 mit "Revenant" ein neues Label, das die 6-CD-"Anthology Of American Folk Music" von Harry Smith wieder veröffentlichte. Ein weiteres ambitiöses Werk war die 7-CD-Box "Screamin' And Hollerin' The Blues: The World Of Charley Patton".
Auf "Revenant" erschienen zudem so unterschiedliche Aufnahmen wie solche der 1950er-Bluegrass-Gruppe The Stanley Brothers, eine Gospel-Compilation mit Stücken aus den Vorkriegsjahren oder solche von Captain Beefheart, Albert Ayler, Cecil Taylor, Jim O'Rourke und Derek Bailey. Auch Faheys frühere Werke wurden von "Revenant" neu heraus gebracht.
Auch John Faheys letzte Aufnahme "Red Cross Disciple Of Christ Today" (2003) erschien auf seinem neuen Label. Fahey starb lange vor deren Veröffentlichung am 22. Februar 2001 in Salem, Oregon, an den Komplikationen einer Herz-Bypass-Operation.
John Fahey hatte sich auch als Buchautor betätigt und schrieb "How Bluegrass Music Destroyed My Life" (DC, 2000) und "Vampire Vultures Book" (DC, 2003). Die nur einseitig bespielte und in durchsichtigem Vinyl gepresste LP "Hard Time Empty Bottle Blues (1-4)" war ein Teil der Serie "The Lathanides", die das "Table Of The Elements"-Label 2004 zum 10. Geburtstag herausgab.
Im Jahre 2004 startete das "Ecstatic Father Yod"-Label eine LP-Tribute-Serie mit Aufnahmen verschiedener Musiker. Die erste LP der Reihe war "Meditations On The Ascension Of Blind Joe Death Vol. 1" und stellte eine Duo-Einspielung von Loren Mazzacane Connors (g) mit Christina Carter dar. Sämtliche LP-Hüllen wurden von Conrad Capistran im Stile der frühen Fahey-Alben von Tom Weller gestaltet.
2005 gab das "Ace"-Label 16 frühere Fahey-Alben auf CD neu heraus. "Sea Changes & Coelacanths: A Young Person's Guide To John Fahey" (Table Of The Elements, 2006) war eine Compilation der beiden neueren CDs "Womblife" und "Georgia Stomps, Atlanta Struts And Other Contemporary Dance Favourites" sowie der einseitig bespielten LP "Hard Time Empty Bottle Blues" in Form von 2 CDs oder 4 LPs.
"The Great Koonaklaster Speaks: A John Fahey Celebration" (Table Of The Elements, 2007) hiess eine Tribute-CD mit Tracks von Jack Rose, Greg Malcolm, Ben Vida, Sir Richard Bishop, Michael Hurley, der No Necks Blues Band mit Fahey selber sowie anderen. Auf "3 Day Band" (Important, 2008) ist eine Session von Fahey mit Ayal Senior von 1999 in einem Hotelzimmer dokumentiert. Dabei liest Fahey aus seinen Werken und diskutiert über Leben und Philosophie.
Stücke der Alben für "Varrick" wurden später auf der Compilation "Twilight On Prince Georges Avenue" (Rounder, 2009) noch einmal veröffentlicht. "The Transcendental Waterfall - Guitar Excursions 1963-1967" (4 Men With Beards, 2012) hiess ein 6-LP-Set, das neben einem T-Short und einem Poster-Set die ganz frühen Aufnahmen von Fahey enthielt. "Christmas Soli" (Fantasy, 2013) war eine Sammlung von Weihnachts-Liedern. 09/23