"Chaos and Disorder" (Warner, 1996) war eine Sammlung von Leftovers zum Erfüllen des Vertrages mit "Warner". Danach war Prince frei von seinen Verpflichtungen gegenüber seinem langjährigen Label, mit dem er im Streit auseinanderging. Sein erstes Album nach der "Warner"-Aera war das Triple-CD-Set "Emancipation" (NPG, 1996). Es verkaufte sich gut und war das erste Prince-Album, das Covers von anderen Musikerinnen und Musikern enthielt.
"Newpower" Soul" (NPG, 1998) war ein Album, das als Aufnahme von der New Power Generation etikettiert war. De facto handelte es sich aber um eine Prince-Aufnahme. "Crystal Ball" (NPG, 1998) hiess ein 5-CD-Set mit bislang unveröffentlichtem Material. Fans konnten das Album via Internet schon ein Jahr im voraus bestellen, erhielten ihr Exemplar aber erst Monate, nachdem es schon in die Läden gekommen war.
Immerhin bestand die Version, die in den Läden verkauft wurde, nur aus vier CDs. Mit Platz 62 in den Billboard 200 war es kein Erfolg. Das "Crystal Ball"-Set enthielt mit "The Truth" auch eine CD mit neuem Material. Sie kam auch einzeln auf den Markt und schnitt mit Platz 64 in den Billboard 200 enttäuschend ab. Die fünfte nicht im Laden erhältliche CD des Sets hiess "Kamasutra" und bestand aus Instrumental-Stücken.
Auch sein früheres Label brachte mit "The Vault: Old Friends 4 Sale" (Warner, 1999) ein Album mit bislang unveröffentlichtem Prince-Material heraus. Für sein nächstes reguläres Album "Rave Un2 the Joy Fantastic" (NPG und Arista, 1999) vertraute sich Prince wieder einem grosen Label an.
Es handelte sich um ein Album, auf dem sich Prince in Gesellschaft diverser Stars wie Sheryl Crow, Gwen Stefani, Chuck D, Maceo Parker, Eve und Ani DiFranco zeigte. Immerhin schaute mit Platz 18 wieder einmal ein Platz in den Top-20 der Billboard 200 heraus. 2000 erschien unter dem Titel "Rave In2 The Joy Fantastic" eine Remix-Version des Albums, erhätlich via die Internet-Seite von Prince.
Auch das nächste Album "The Rainbow Children" (NPG, 2001) konnte nur via die Website von Prince bestellt werden. Es war gleichzeitig jenes Album, auf dem Prince zu seinem ursprünglichen Namen zurückkehrte. "One Nite Alone..." (NPG, 2002) war eine DL-Veröffentlichung und zeigte Prince solo nur am Piano und mit Gesang. Bei der anschliessenden Tournee entstand das erste Prince-Livealbum, das 3-CD-Set "One Nite Alone... Live!" (NPG, 2002) mit einem "It Ain't Over!" betitelten Aftershow-Mitschnitt auf CD 3.
Das reine Instrumental-Album "Xpectation" (NPG, 2003) gab's dann wieder nur online für Mitglieder des "NPG Music Clubs". Auch "N.E.W.S." (NPG, 2003) war ein Instrumental-Album mit den vier je 14 Minuten langen Tracks "North", "South", "West" und "East". Es konnte als DL via die Website von Prince bezogen werden, kam aber auch in den offiziellen Handel.
Die Musik war stark von Jazz-Fusion und Funk geprägt und rückte damit in die Nähe der Veröffentlichungen von Prince's Nebenprojekt Madhouse. Mit Eric Leeds (ts, bars) war bei den Aufnahmen auch ein Madhouse-Musiker mit von der Partie. Weitere Musiker, die neben Prince (g, e-p, key, perc) mitmachten waren Renato Neto (p, synth), Rhonda Smith (e-b, b) und John Blackwell (dm). Das Album verkaufte sich aber äusserst schlecht.
Mit "Musicology" (NPG und Columbia, 2004) schien es wieder einen Moment aufwärts zu gehen, gelangte das Album in den Billboard 200 und bei den R&B/Hip Hop-Alben auf Platz 3. In den USA wurden zwei Millionen Stück verkauft. Die nachfolgende Tournee brachte 87,4 Millionen Dollar ein und war eine der erfolgreichsten Tourneen in diesem Jahr. Für das Album erhielt Prince zwei weitere Grammys.
"The Chocolate Invasion" (NPG, 2004) und "The Slaughterhouse" (NPG, 2004) waren im selben Jahr zwei weitere DL-Veröffentlichungen mit Material, das teilweise schon 2001 herausgebracht und inzwischen überarbeitet worden war. "C-Note" (NPG, 2004) war im selben Jahr ein Livealbum mit jazznahmen Aufnahmen.
Für das nächste Album "3121" (Universal und NPG, 2006) ging Prince einmal mehr einen Vertrag mit einem grossen Label ein. Nach einigen Alben, welche die US-Pop-Charts verpassten, stand "3121" bei den Billboard 200 sowie bei den R&B/Hip Hop-Alben ganz oben, auch wenn in den USA nur eine halbe Million Exemplare verkauft wurden. Es war das erste Nummer-1-Album in den Billboard 200 seit "Batman" 1989.
Im selben Jahr wie "3121" erschien mit "Ultimate" (NPG, 2006) eine Doppel-CD mit seinen grössten Hits auf CD 1 und mit Langversionen und Remixes von Single-B-Seiten auf CD 2. Das nächste Album "Planet Earth" (NPG, 2007) erschien zuerst als Gratis-Beilage zur Sonntags-Ausgabe der englischen Zeitung "The Mail", ehe die CD auch normal in den Handel kam.
Im Jahr darauf erschien das Livealbum "Indigo Nights" (NPG, 2008) und gleichzeitig das Buch "21 Nights" mit Gedichten, Texten und Fotos von Prince. Das 25. Studioalbum von Prince nannte sich "Lotusflow3r/ MPLSound" (NPG, 2009) und war eine Triple-CD mit "Elixir", einem Album der Sängerin Bria Valente, auf CD 1 sowie den beiden Prince-CDs " Lotusflow3r" und "MPLSound" auf CD 2 und CD 3.
Wie "Planet Earth" war "Lotusflow3r/ MPLSound" ein Top-Album in den Billboard 200. Das nächste Album "20Ten" (NPG, 2010) lag verschiedenen Zeitschriften in Europa gratis bei. In den USA konnte die CD normal gekauft werden, kam aber nicht in die Charts. 18 Jahre nach der Kampfscheidung kehrte Prince wieder zu "Warner" zurück.
"Art Official Age" (Warner, 2014) war ein neues Soloalbum von Prince, das erste seit "20Ten" im Jahre 2010. Gleichzeitig erschien "Plectrum Electrum" (Warner, 2014), die erste und einzige Aufnahme mit seiner Frauen-Begleitband 3rdEyeGirl. Beide Alben schafften es in die Top-10 der Billboard 200.
Das DL-Album "The Truth" (Tidal, 2015) enthielt Aufnahmen, die Jahre zuvor auf der Bootleg-CD "The Truth (The Acoustic Album)" (Optimum, 1997) erschienen waren. Diese Aufnahmen wiederum stammten von einer Promokassette. Sie waren im Jahr nach der Bootleg-CD bereits Teil des erwähnten 5-CD-Sets "Crystal Ball" (NPG, 1998) gewesen und damals auch separat veröffentlicht worden.
Bei "Tidal" handelte es sich um das Label des Rappers Jay-Z, der darauf auch weitere DL-Alben von Prince sowie solche von Rihanna und anderen herausbrachte. Mit "HITnRUN Phase One" und "HITnRUN Phase Two" (beide NPG, 2015) erschienen in Abstand von wenigen Monaten zwei zusammenhängende Alben mit neuem Material, die beide in den Top-50 der Billboard 200 anzutreffen waren.
Prince wurde am 21. April 2016 in Chanhassen, Minnesota, tot aufgefunden. Er wurde 57 Jahre alt. "Originals" (NPG und Warner, 2019) bestand aus Demos, die Prince zwischen den frühen 1980er und den frühen 1990er Jahren eingespielt hatte. Nachträglich erschien "Welcome 2 America" (NPG und Legacy, 2021) mit bisher unveröffentlichten Studioafnahmen von 2010. Es fand sich in den Top-3 der Billboard 200 und der R&B/Hip Hop-Charts.
"Prince and the Revolution: Live" (Warner, 2022) war anlässlich der "Purple Rain"-Tournee 1985 mitgeschnitten worden. Das Set bestand aus einer Doppel-CD, einer VHS-Kassette, einer DVD und/oder einer Blue-ray.
Von Prince waren schon zu Lebzeiten Dutzende von Compilations erschienen. Auch nach seinem Tod riss dieser Strom nicht ab. Unter dem Titel "4Ever" (Warner, 2016) wurden sieben Monate nach seinem Tod auf einer Doppel-CD seine wichtigsten Stücke für "Warner" zusammengefasst. 37 Songs fanden sich auf dem DL-Album "Anthology 1995 – 2010" (NPG, 2018).